Il Parco Sommerso di Baia è stato istituito il 7 Agosto del 2002, con Decreto Interministeriale, dal Ministro dell'Ambiente e della Tutela del Territorio di concerto con il Ministro per i Beni e le Attività Culturali, il Ministro delle Infrastrutture e dei Trasporti, il Ministro delle Politiche agricole e Forestali e d'intesa con la Regione Campania. Il parco si inserisce nel quadro delle 25 aree Marine Protette (AMP) attualmente istituite in Italia.